进化所原生动物学团队发表关于基于SMRT CSS测序的DNA N6-甲基腺嘌呤(6mA)生物信息学分析新成果
2025年4月9日,进化所原生动物学团队在权威生物信息学期刊Briefings in Bioinformatics发表研究成果“SMAC: identifying DNA N6-methyladenine (6mA) at the single-molecule level using SMRT CCS data”,搭建了一套基于三代测序数据检测DNA 6mA甲基化修饰的分析流程。 DNA N6-甲基腺嘌呤(6mA)是一种重要的表观遗传修饰,广泛存在在细菌及部分真核生物中。真核生物6mA参与调控DNA复制、转录、转座子沉默、核小体定位等,在环境胁迫响应、胚胎发育、肿瘤发生等生理病理过程中发挥重要作用。 然而,6mA的检测技术长期存在高假阳性率与低分辨率的问题。例如,DNA小分子质谱(LC-MS)虽然灵敏度较高,但由于无法提供序列信息,难以排除其它来源的6mA污染;基于抗体富集和二代测序的6mA-IP技术虽然能够基本确定6mA来源,但其检测效果高度依赖抗体的特异性和亲和力,且分辨率有限。第三代测序技术——单分子实时测序(SMRT-seq)基于测序过程中碱基配对所需的脉冲间隔时间(in